Visualizar mapeos y control de calidad

Overview

Teaching: 60 min
Exercises: 30 min

Questions

• ¿Cómo visualizo las lecturas alineadas al genoma de referencia?

Objectives

Visualización de mapeos con JBROWSE2

JBROWSE nos permite visualizar los archivos bam (que hayan sido ordenados con sorted e indexados con index) Primero debemos cargar el genoma usando OPEN SEQUENCE FILE En Type elegir FastaAdapter, luego Choose file para seleccionar el archivo Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna.toplevel.fa que esta en la carpeta reference_genome/ Poner un nombre provisorio al genoma en Assembly Name (ejemplo “Saccer3”)

Ahora que tenemos el genoma cargado, podemos abrir los archivos .sorted.bam. También para visualizar la posición de los genes anotados en el genoma, abriremos el archivo .gff3 que esta en la carpeta referece_genome Para una rápida comparación de los tres tipos de ensayos que tenemos, cargamos un archivo sorted.bam de DNAseq, ATACseq, y un archivo de RNAseq:

Para visualizar los mapeos tendremos que acercarnos a una región del genoma

Como pueden ver, los mapeos de reads caen en distintos lugares dependiendo de nuestros ensayos. Mapeos de DNAseq cubren en general todo el genoma, los de ATACseq se concentran en las regiones promotoras, y RNAseq se concentran en las regiones codificantes. También podemos visualizar las variantes que corresponden a las diferencias de nuestras cepas con el genoma de referencia que proviene de la cepa de laboratorio S288C

Analisis de calidad con QUALIMAP

Instalaremos qualimap usando mamba

mamba install -c bioconda qualimap

Generaremos informes HTML de cada archivo de mapeo (sorted.bam) con el siguiente script:

for FILE in bam/sorted_bam/*.sorted.bam;do qualimap bamqc -bam $FILE;done

También usaremos el modulo rnaseq de qualimap para un analisis más detallado de los mapeos de RNAseq

for FILE in bam/sorted_bam/*RNAseq*.sorted.bam;do qualimap rnaseq -bam $FILE -gtf reference_genome/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.57.gff3;done

Podemos realizar nuevamente un informe conjunto con MULTIQC

multiqc -o bam/sorted_bam/ bam/sorted_bam/

Key Points

• Utilizar herramientas visuales para examinar el alineamiento de lecturas