Para este curso es necesario contar con un sistema UNIX, por ejemplo Mac OSX, Ubuntu, o Ubuntu para Windows. También es tener una instalación de MAMBA (conda), que nos facilitará la instalación de herramientas bioinformaticas Por último, necesitaremos el explorador de genomas (genome browser) JBROWSE, que puede ser ejecutado directamente en Windows.
- Instalación de MAMBA : [MAMBA INSTALL]: https://github.com/conda-forge/miniforge#mambaforge
- Instalación de JBROWSE : [JBROWSE INSTALL]: https://jbrowse.org/jb2/
Instalaremos programas bioinformaticos en nuestro Linux con el comando mamba create
mamba create -n mapping -c bioconda fastp fastqc bwa star multiqc salmon qualimap
mamba create -n samtools -c bioconda samtools openssl=1.0.2m
** Este comando buscará en el repositorio “bioconda” las instrucciones para instalar fastp, fastqc, bwa, star en el ambiente MAPPING. ** También crearemos un ambiente para el programa SAMTOOLS donde instalaremos samtools, que también debe llevar openssl version 1.0.2m.